Durante muchos años, el poder de la Alquimia regía el mundo de Weyard. Gracias al descubrimiento de ese poder, la humanidad alcanzó la cima de la civilización y el conocimiento. Pero a la vez que el conocimiento y la sabiduría crecían, también lo hacían los sueños y ambiciones. Sueños de conquista, de guerra, de poder ilimitado y de vida eterna. En consecuencia, se empezó a abusar de la Alquimia. Todas estas aspiraciones habrían arrasado Weyard de no ser por unos sabios expertos que sellaron este poder en lo más profundo de las entrañas del Templo Sonne, dentro del Monte Aleph. La consecuencia de esto fue que las luces de los Faros Elementales se extinguieron. Tras esto, Weyard se vio privado de su energía elemental y se empezó a destruir a sí mismo poco a poco, empezando por el norte. Esto provocó el caos en la aldea más boreal de Weyard, Prox, gobernada por el Clan Marte del Norte. Un grupo de emisarios guerreros del Clan Marte del Norte, son enviados por Puel (alcalde de Prox) y el anciano sabio de la aldea, con la misión de informar a los habitantes de Weyard (empezando por los taleanos) sobre el peligro que se cierne sobre el mundo si la luz de los cuatro faros elementales (Mercurio, Venus, Júpiter y Marte) no vuelve a concentrarse en el monte Aleph, ya que mucho tiempo atrás, sus luces fueron selladas para evitar que el ser humano destruyese Weyard, al acumular todo el poder que la Alquimia guarda tras de sí. Entre estos guerreros emisarios estaban Saturos y Menardi, conocidos en Prox por ser los más fuertes. Nadie en Tale les creyó.
Debido a que el sellado de la Alquimia está consumiendo las poblaciones del norte, Saturos y Menardi deciden hacer todo lo posible por salvar Prox. Una vez dentro del templo Sonne, alguno de los proxianos activó sin querer una trampa. Saturos y Menardi fueron los únicos proxianos supervivientes.
Esto provoca una liberación de energía alquímica manifestada en un temblor, una tormenta muy fuerte y un corrimiento de tierra. Durante estos estragos, una gran roca se desprende de la ladera sur del Aleph y amenaza con destruir la aldea de Tale. Es cuando varios taleanos detienen durante unos minutos la roca mientras se desaloja la aldea. En medio del caos, Félix, un taleano Adepto de Venus (Tierra), se cae al río en medio de la crecida. Hans y Garet lo ven e intentan buscar ayuda. La consiguen, pero la roca finalmente se descontrola y arrastra corriente abajo al padre de Hans, a Félix, y a los padres de Félix y Nadia, lo cual deja a la joven Nadia desolada. En ese momento Hans y Garet se marchan para intentar pedir ayuda, pero en su camino se cruzan con Menardi y Saturos, tras lo cual éstos, creyendo que Hans había estado espiándoles, lo atacan, junto con su amigo Garet dejándolos inconscientes.
Tres años después, Hans, Nadia y Garet han aprendido a dominar la Psinergía y acuden a visitar a Kraden a su casa. Éste acaba de recibir la visita de Menardi y Saturos, que lo han avasallado con preguntas sobre el Templo Sonne (templo situado en el Monte Aleph en honor al sol). Kraden, interesado por ver lo que le han contado Saturos y Menardi, acude al templo en compañía de Hans, Nadia y Garet. Al final acaban encontrando la cámara del tesoro; donde se encuentran las cuatro Estrellas Elementales, que son unas gemas con forma de perla indispensables para volver a encender los cuatro Faros Elementales. Si se encendieran, el sello de la Alquimia se rompería.
Es entonces cuando entran Saturos, Menardi, el hermano de Nadia (Félix, al cual todos daban por muerto tras la tormenta) y Álex (miembro del Clan Mercurio) y se llevan las Estrellas Elementales (salvo la Estrella Marte, la cual Hans no llegó a entregar por culpa de un terremoto). Al quitar las estrellas del templo, el volcán del Monte Aleph entra en erupción. Saturos, Menardi, Kraden, Félix y Álex huyen del templo al ver que ha aparecido el guardián del Templo Sonne, una roca con un ojo llamada El Sabio, el cual bloquea la erupción durante un poco tiempo. En ese poco tiempo, coge la Estrella Marte y la impregna con un polvillo dorado. Tras esto, teletransporta a Hans y Garet a la salida del templo. Al salir del templo, Hans y Garet (Nadia ha sido secuestrada junto a Kraden) se enteran del peligro que corre Weyard si se encienden los faros y así empieza Golden Sun, una persecución en la que Hans debe intentar detener a Saturos y Menardi para que no enciendan los faros elementales. Para ello, recibirán la ayuda de los Djinns (aliados en la batalla compuestos por los 4 elementos) y de personas que le ayudarán en su viaje y que tendrán bastante en común con ellos.
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